1995年の阪神淡路大震災により一時休園した後入場者が減少し、近年の不況やレジャーの多様化やメリケンパークが近くに出来た事、USJ開業による入場者る。当初の立地はポートアイランド南公園とともにポートアイランド南側の沿岸部であったが、周囲が2期工事で埋め立てられたため内陸部にある施設と変わっていった。1995年の阪神淡路大震災により一時休園した後入場者が減少し、近年の不況やレジャーの多様化やメリケンパークが近くに出来た事、USJ開業による入場者の低下などの影響、施設の老朽化などを理由に運営していた阪急東宝グループ当時の阪急電鉄が2003年で経営を撤退。その後、神戸市による無償の管理運営で無料入場日を設けたり、ハロー!プロジェクトのイベントを開催するなどして打開策を打ち出すが入場者の増加にはつながらず、2006年3月31日をもって25年の歴史に幕を閉じた。なお2006年3月に、「さよならポートピアランド?25年のあゆみ?展」が公開された。最終日の3月31日は、2000人以上の来園者が出た。